台風6号の接近により、JR東日本は首都圏を中心に鉄道運行に甚大な影響が出ており、3日午後1時現在、多くの路線や特急列車で運休や運転見合わせが発生しています。東海道線では東京～熱海間で東京駅折り返し運転となり、伊東線は全線終日運休、横須賀線は横須賀～久里浜間で見合わせとなっています。中央本線や青梅線、八高線、川越線でも一部区間で始発から運転を取りやめています。湘南新宿ラインや上野東京ラインは始発から運転を取りやめ、常磐線や内房線、外房線、総武本線、成田線などでも区間運休や減便が行われています。特急列車では、「踊り子」「サフィール踊り子」「富士回遊」「さざなみ」「わかしお」「しおさい」「草津・四万」「あかぎ」「きぬがわ」「スペーシア日光」は全列車運休、「あずさ」「かいじ」「ひたち」「成田エクスプレス」も始発から一部運休または運休となっています。一方、東北・上越・秋田・山形新幹線は平常通り運行していますが、北陸新幹線は送電設備故障の影響で遅れが出ています。JR東日本は最新の運行状況の確認を呼びかけています。