気象庁は6月3日、5月28日に運用を開始したばかりの線状降水帯予測システムにおけるソフトウェアの不具合による障害が解消したと発表した。この不具合は、線状降水帯の発生を2～3時間前に予測する「線状降水帯直前予測」と、発生を知らせる「線状降水帯発生」の発表を妨げていた。特に、6月2日夕方から夜にかけて高知県西部で線状降水帯予測の発表基準を満たしたにもかかわらず、システム障害のため発表できなかった。障害期間中は「全般気象解説情報」で代替していたが、6月3日午後6時より通常運用に復旧した。