国際的な人権擁護団体であるアムネスティ・インターナショナル日本で、事務局長によるパワーハラスメント（パワハラ）が告発され、法人と労働組合の間で争議となっている。2025年1月に就任した事務局長が、同年3月頃から複数の職員に対し、暴言、睨みつけ、意見の切り捨て、無視といった行為を繰り返したと、職員で作る労働組合が主張している。組合員10人中9人が加入しており、うち6人が被害を訴えている。法人側は第三者組織による調査を開始しており、結果次第で対応するとしている。