Protikorupční organizace Transparency International podala podnět k Evropské komisi a dalším evropským institucím, včetně Evropského úřadu pro boj proti podvodům a Evropského účetního dvora, v souvislosti s údajným střetem zájmů premiéra Andreje Babiše a jeho holdingu Agrofert. Organizace tvrdí, že Státní zemědělský intervenční fond nepostupuje objektivně a vědomě zvýhodňuje Agrofert, čímž dochází k porušování evropské legislativy a ohrožení evropských finančních prostředků. Transparency International rovněž zpochybňuje zákonnost a funkčnost svěřenského fondu, přes který premiér svou majetkovou účast v Agrofertu řešil. Navzdory tvrzením premiéra, že je vše v pořádku, existují indicie, že se pozastavení výplaty dotací kvůli střetu zájmů může týkat i zemědělských fondů, přičemž Agrofert od Babišova premiérství obdržel již téměř 200 milionů korun.