La Contraloría General de la República ha detectado graves irregularidades en la compra de un inmueble por parte del Gobierno Regional de Magallanes, liderado por Jorge Flies, en diciembre de 2024. La adquisición, destinada al programa Mejor Niñez, se realizó mediante trato directo sin justificación y sin licitación pública, contraviniendo la normativa vigente. Además, la tasación del inmueble fue inconsistente y se detectó un posible conflicto de interés debido a un vínculo indirecto del gobernador Flies con el vendedor. La Contraloría también cuestionó el uso de recursos públicos para la defensa legal de Flies contra consejeros regionales que denunciaron el caso. Se ha solicitado al gobernador el reintegro de sumas por servicios de defensa y se han derivado antecedentes al Ministerio Público.