Dix parlementaires socialistes et apparentés, dont Aurélien Rousseau, ont exprimé leur vive préoccupation face à la décision du gouvernement de retirer certaines prérogatives à Santé publique France (SPF). Dans une tribune publiée le 17 avril, ils dénoncent une "alarmante reprise en main" et appellent le ministère de la Santé à renoncer à ce projet qui, selon eux, priverait l'agence de ses fonctions clés de campagnes de prévention et de gestion de la réserve sanitaire, transférées principalement au ministère. Cette décision, justifiée par la recherche d'efficacité, inquiète de nombreux acteurs de la santé publique, comme en témoigne une manifestation de salariés le 7 avril et un appel de 350 professionnels. Les élus critiquent un manque de concertation et soulignent l'importance du renforcement de l'indépendance scientifique des institutions de santé publique.