El informe "Desapariciones en México" de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos documentó que el 40% de los casos de desaparición de personas LGBTIQ+ se concentran en cinco estados. Según el Registro Nacional de Personas Desaparecidas y No Localizadas, desde 2012 han desaparecido 170 personas de esta comunidad, de las cuales 67 permanecen sin localizar a abril de 2025. Los años 2023 y 2024 concentran 18 y 16 casos respectivamente. Sin embargo, la Fundación Arco Iris advirtió sobre un alto subregistro en las cifras oficiales. La CIDH recibió información de 43 desapariciones documentadas entre 2017 y 2024, con víctimas de edad promedio de 29 años, incluyendo 18 mujeres trans, 18 hombres trans y siete personas sin identidad de género precisada. Los estados con más casos son Zacatecas (7), Ciudad de México y San Luis Potosí (6 cada uno).