En 2025, los gastos de operación del Tren Maya superaron sus ingresos por ventas en un 788%, alcanzando 4,810.3 millones de pesos frente a 541.8 millones de pesos generados por comercialización de bienes y servicios, a pesar de haber transportado 1.3 millones de pasajeros. Las pérdidas operacionales acumuladas desde su inauguración en diciembre de 2023 ascienden a 8,267.8 millones de pesos. Este déficit ha sido cubierto por subsidios y otros ingresos, incluyendo fondos de un fideicomiso público que recibe el 67% de los ingresos de visitantes extranjeros. Expertos cuestionan la viabilidad del proyecto para alcanzar el punto de equilibrio en 2030, como ha prometido el gobierno, señalando sobrecostos y la falta de estudios previos.