Depuis le début de la guerre en Iran, Fly Emirates a annulé plus de 2 000 vols, soit 54 % de son trafic régulier, en raison de fermetures ponctuelles de l'espace aérien émirati liées aux tirs de missiles et de drones. Malgré la mise en place de "couloirs aériens d'urgence sécurisés" par les Émirats arabes unis pour limiter les annulations, la compagnie a rencontré des difficultés, notamment avec des vols effectuant des demi-tours spectaculaires, comme le vol EK10 de Londres qui a dû revenir à Gatwick après 11 heures de vol. D'autres vols long-courriers ont été déroutés vers des destinations alternatives en Égypte, au Pakistan, au Bangladesh ou en Italie, illustrant les défis logistiques pour maintenir le trafic aérien à Dubaï.