Nghị quyết 32 của Chính phủ quy định Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức hoạt động theo mô hình đa cơ sở, mỗi cơ sở được cấp giấy phép độc lập. Cơ sở Ninh Bình được xếp cấp chuyên môn kỹ thuật tương đương cơ sở Hà Nội, được ký hợp đồng khám chữa bệnh bảo hiểm y tế với Bảo hiểm xã hội Hà Nội và cho phép chuyển người bệnh cũng như mẫu bệnh phẩm giữa hai cơ sở mà không cần ký hợp đồng riêng. Nhân lực được phân công làm việc luân phiên giữa Hà Nội và Ninh Bình nhưng mỗi người chỉ hành nghề tại một cơ sở tại một thời điểm.