La Corte Penal Nacional, encargada de los casos criminales más complejos del país, entró en una grave crisis institucional tras el 22 de junio, cuando la Junta Nacional de Justicia (JNJ) incorporó a 12 nuevos magistrados. Este hecho activó un conflicto entre el Consejo Ejecutivo del Poder Judicial (CEPJ) y el presidente de la corte, Jhonny Contreras Cuzcano, por el control de las salas. El CEPJ aprobó una conformación de salas la noche del 22 de junio, pero al día siguiente el presidente Contreras dispuso una distinta que operó hasta las 6 p. m. del 23 de junio. Luego, por jerarquía, Contreras revocó su decisión y adoptó la del CEPJ, generando que jueces que presidían salas el martes pasaran a ser vocales el miércoles.