Santé Québec (SQ), une superstructure ultra-centralisée créée par l'ancien ministre de la Santé Christian Dubé, prétendait dépolitiser la gestion du réseau de santé québécois en séparant les orientations (conservées par le MSSS) des opérations (attribuées à SQ). Cependant, les inquiétudes sérieuses concernant le déploiement du Dossier santé numérique (DSN) dans deux régions pilotes révèlent la fausse indépendance de SQ. Face au risque d'un échec similaire au SAAQclic, la première ministre Christine Fréchette, la ministre de la Santé Sonia Bélanger et la ministre du Numérique France-Élaine Duranceau interviennent activement, démontrant que la responsabilité ultime demeure gouvernementale. Cette situation soulève la question de la pertinence réelle de Santé Québec, une société d'État dont les dirigeants non élus et non imputables semblent avoir une indépendance illusoire.