Wenn unter Linux installierte Windows-Spiele über Steam nicht starten, kann das Dateisystem der Partition schuld sein. Steam richtet Bibliotheken üblicherweise im Home-Verzeichnis auf Linux-Dateisystemen ein, was keine Probleme verursacht. Wenn jedoch Spiele versehentlich auf einer Partition mit dem Windows-Dateisystem NTFS installiert werden, kann dies zu Startschwierigkeiten führen. Um dieses Problem zu beheben, können Nutzer das Spiel über die Steam-Bibliothekseigenschaften auf eine andere, korrekt eingerichtete Partition verschieben. Die Überprüfung des Dateisystems einer Partition ist mit Tools wie „Laufwerke“, Gparted oder der KDE-Partitionsverwaltung möglich.