Nors melatoninas dažnai laikomas nekalta miego priemone, specialistė Edita Jaskelevičienė įspėja, kad jis yra hormonas, veikiantis centrinę nervų sistemą, ir jo netinkamas vartojimas gali sukelti nepageidaujamų pasekmių. Ilgalaikis vartojimas, pagal kai kuriuos tyrimus, gali turėti neigiamos įtakos širdies ir hormonų sistemoms, todėl svarbu atsargumas. Melatoninas gali būti naudingas trumpalaikiams miego sutrikimams, pavyzdžiui, keliaujant, tačiau lėtinei nemigai efektyviausia išlieka elgesio terapija ir miego higienos gerinimas. Klaidos vartojant apima per dideles dozes, netinkamą laiką (rekomenduojama likus 30-60 min. iki miego) bei šviesos poveikį, kuris neutralizuoja jo veikimą. Melatoninas gali užmaskuoti problemas, bet nesprendžia jų priežasčių, tokių kaip stresas ar nerimas. Ypač svarbu vengti didesnių nei fiziologinis kiekis dozių, kurios gali sukelti „melatonino pagirias“ ir sumažinti receptorių jautrumą. Nėščioms, žindančioms, vaikams ir vartojantiems tam tikrus vaistus, būtina konsultacija su gydytoju.