Een onderzoek naar moslimdiscriminatie in Nederland, uitgevoerd door KIS in opdracht van het ministerie van Sociale Zaken en Werkgelegenheid (SZW), wordt geconfronteerd met mogelijke belangenverstrengeling. De ISN Academie, een cofinancier van het onderzoek, heeft een academisch directeur die de echtgenoot is van de wetenschapper die het onderzoek aanstuurde namens KIS. De ISN Academie is gelieerd aan de Turkse moskeekoepel Diyanet. Deze relatie is niet gemeld aan het ministerie en niet vermeld in het rapport, wat het ministerie als onwenselijk beschouwt. Hoewel KIS achter de kwaliteit en conclusies van het onderzoek staat, eist het ministerie een onafhankelijke wetenschappelijke review van de integriteit en een onderzoek door de controlerend accountant naar de omgang met integriteitsvraagstukken.