El jefe interino de la Oficina Nacional de Procesos Electorales (ONPE), Bernardo Pachas, confirmó que el escrutinio de la segunda vuelta presidencial, programada para el 7 de junio, se realizará de forma manual mediante el uso de papel convencional. Esta decisión prescinde de la Solución Tecnológica de Apoyo al Escrutinio (STAE) utilizada en la primera vuelta, debido a que la contienda entre dos candidatos resulta más sencilla y práctica para los miembros de mesa. A pesar de las críticas sobre vulnerabilidades en versiones previas del software reportadas por el programa "Cuarto Poder", funcionarios de la ONPE defendieron la integridad del sistema, asegurando que las versiones finales contaron con medidas de seguridad robustas, encriptación y firmas digitales sin hallazgos críticos pendientes por parte del JNE.