La representante Jennifer Pedraza ha denunciado que los títulos de Francisco Pareja, fundador y representante legal de la Fundación San José, al igual que los de Juliana Guerrero, también serían irregulares. Pedraza afirmó que Pareja obtuvo dos títulos de manera ilegal, otorgados por su cónyuge, la exrectora Romelia Ñuste, y Luis Carlos Gutiérrez Martínez, quien ya está imputado por la Fiscalía por el caso de los títulos falsos de Guerrero. A pesar de no cumplir con el requisito de un título profesional, Pareja fue designado representante legal en noviembre de 2020. En solo tres semestres, Pareja obtuvo dos títulos de la San José (tecnólogo en gestión empresarial en diciembre de 2021 y administrador de empresas en julio de 2022), sin presentar las pruebas Saber TyT ni Saber Pro, obligatorias según la Ley 1324 de 2009. El Ministerio de Educación, a pesar de estar al tanto desde 2020, tardó cinco años en reconocer la irregularidad, argumentando que el proceso sancionatorio era extenso y existía riesgo de caducidad, una postura que Pedraza califica de negligencia e incluso complicidad. Además, se alega que Pareja no es ingeniero mecánico de la Universidad de los Andes como afirma.