La Subsecretaría de Derechos Humanos de Chile emitió un comunicado para defender las actuaciones del Programa de Derechos Humanos, asegurando que su labor se rige por protocolos vigentes desde 2017 y que las decisiones judiciales en causas de lesa humanidad se toman caso a caso, desmintiendo órdenes de detener o archivar expedientes. La entidad reafirmó la continuidad de sus políticas públicas, incluyendo el Plan Nacional de Búsqueda, Verdad y Justicia, y detalló que el programa realiza acciones de búsqueda, acompañamiento psicosocial, gestión de archivos, preservación de sitios de memoria y asistencia jurídica. Sin embargo, un correo interno de la directora del programa, Constanza Garrido, reveló instrucciones de no apelar en ciertas causas, contradiciendo la versión oficial y generando dudas sobre un posible cambio de criterio que podría estar operando de facto, especialmente en casos de condenados por violaciones a los derechos humanos.